Cette école thématique propose une introduction à la dynamique moléculaire avec une forte composante pratique. Après une brève introduction à la théorie de la dynamique moléculaire, les participants suivront de nombreux travaux pratiques sur ordinateur. Ils apprendront à construire et simuler les systèmes biomoléculaires les plus importants : protéines globulaires, complexes protéine-acide nucléique et protéine-ligand, protéines membranaires. Les systèmes seront simulés en tout-atome mais une introduction au gros-grain sera également abordée. Une partie importante comprendra l'analyse des simulations (analyses classiques, clustering, analyse en composante principale, machine learning). Une introduction à l'échantillonnage augmenté sera également abordée (umbrella sampling) avec une application pratique sur un système protéine-ligand.

L'école s'adresse aux personnes débutantes et intermédiaires cherchant à acquérir des bases théoriques et pratiques solides en simulation de dynamique moléculaire. Elle est ouverte aux doctorants, post-doctorants ou chercheurs/enseignants-chercheurs. Le public visé inclus aussi bien des chercheurs en bioinfomatique structurale qui débutent que des chercheurs expérimentateurs (biophysiciens, biochimistes, chimistes, etc.). 

Les travaux pratiques seront réalisés en salle informatique sur des ordinateurs fixes avec tous les logiciels déjà installés. Toutefois, les participants pourront amener leur ordinateur portable afin que nous les aidions à installer ces programmes s'ils souhaitent continuer à les utiliser après l'école thématique.

Prérequis : notions élémentaires d'Unix (un document ainsi que des petits exercices seront envoyés à chaque participant à réaliser en amont de la formation).

Tarif : 200 € pour les non-statutaires et 300 € pour les statutaires.